اگر چه این اقدام بانک مرکزی گامی هوشمندانه در جهت کاهش تقلبات و سوء استفاده ها در موضوع بحث بر انگیز چک ها شد. اما این تغییر ناگهانی روش صدور و دریافت چک و لزوم آن بر ثبت در سامانه ، همچنین عدم آموزش دقیق مشتریان باعث مشکلات بسیاری در این زمینه گردیده به طوری حتی با گذشت چند سال ، هنوز هم برخی از صادر کنندگان و دریافت کنندگان چک در ثبت و تایید آن مشکل دارند.